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原位雜交是指將特定標(biāo)記的已知順序核酸為探針與細(xì)胞或組織切片中核酸進(jìn)行雜交，從而對(duì)特定核酸順序進(jìn)行精1確定量定位的過(guò)程。原位雜交可以在細(xì)胞標(biāo)本或組織標(biāo)本上進(jìn)行。
原位雜交的特點(diǎn)是雜交在顯微鏡載玻片上中期染色體標(biāo)本上進(jìn)行。所謂原位即指標(biāo)本上DNA原位變性，在利用放1射性或非放1射性標(biāo)記的已知核酸探針雜交后，通過(guò)放1射自顯影或非放1射性檢測(cè)體系來(lái)檢測(cè)染色體上特異DNA或RNA順序，可用放1射性顆粒在某條染色體的區(qū)帶出現(xiàn)的頻率或熒光的強(qiáng)弱來(lái)確定探針的位置，從而進(jìn)行準(zhǔn)確的基因定位。
原位雜交（in situ hybridization）將標(biāo)記的核酸探針與細(xì)胞或組織中的核酸進(jìn)行雜交，稱為原位雜交。使用DNA或者RNA探針來(lái)檢測(cè)與其互補(bǔ)的另一條鏈在細(xì)菌或其他真核細(xì)胞中的位置。RNA原位核酸雜交又稱RNA原位雜交組織化學(xué)或RNA原位雜交。該技術(shù)是指運(yùn)用cRNA或寡核苷酸等探針檢測(cè)細(xì)胞和組織內(nèi)RNA表達(dá)的一種原位雜交技術(shù)。其基本原理是：在細(xì)胞或組織結(jié)構(gòu)保持不變的條件下，用標(biāo)記的已知的RNA核苷酸片段，按核酸雜交中堿基配對(duì)原則，與待測(cè)細(xì)胞或組織中相應(yīng)的基因片段相結(jié)合（雜交），所形成的雜交體 (Hybrids）經(jīng)顯色反應(yīng)后在光學(xué)顯微鏡或電子顯微鏡下觀察其細(xì)胞內(nèi)相應(yīng)的mRNA、rRNA和tRNA分子。RNA原位雜交技術(shù) 經(jīng)不斷改進(jìn)，其應(yīng)用的領(lǐng)域已遠(yuǎn)超出DNA原位雜交技術(shù)。尤其在基因分析和診斷方面能作定性、定位和定量分析，已 成為有效的分子病理學(xué)技術(shù)，同時(shí)在分析低豐度和罕見(jiàn)的mRNA表達(dá)方面已展示了分子生物學(xué)的一重要方向。
水稻種子是人類重要的食物來(lái)源，其發(fā)育涉及一個(gè)復(fù)雜的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，其中轉(zhuǎn)錄因子發(fā)揮了關(guān)鍵作用。MADS轉(zhuǎn)錄因子家族成員是植物花器1官發(fā)育的重要調(diào)控因子，已有的研究表明，幾乎所有的水稻MADS基因都在種子中表達(dá)，但對(duì)MADS家族成員參與水稻種子發(fā)育調(diào)控的研究結(jié)果仍比較少。
在這項(xiàng)研究中，研究組基于前期的表達(dá)譜研究基礎(chǔ)，分析得到了一個(gè)在水稻生殖發(fā)育階段優(yōu)先表達(dá)的轉(zhuǎn)錄因子MADS29。細(xì)致分析表明，MADS29在花藥、胚珠和種子中均表達(dá)，RNA原位雜交技術(shù)服務(wù)，且在受精后的母體組織表達(dá)量高。MADS29的反義轉(zhuǎn)1基因植株呈現(xiàn)種子皺縮、淀粉粒形態(tài)異常、灌漿速率下降等表型。通過(guò)解剖學(xué)切片、末端轉(zhuǎn)移酶標(biāo)記實(shí)驗(yàn)和全基因組表達(dá)譜芯片分析等，研究人員證明了MADS29通過(guò)調(diào)控程序化死1亡(PCD)過(guò)程促進(jìn)珠心細(xì)胞和珠心突起處的降解。進(jìn)一步的體外凝膠阻滯實(shí)驗(yàn)顯示，MADS29能夠通過(guò)直接結(jié)合程序化死1亡相關(guān)基因的啟動(dòng)子區(qū)域而調(diào)控其表達(dá)，進(jìn)而影響胚乳發(fā)育。
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